RNA提取原理
RNA提取时，氯仿分为三层：水相（含RNA，可能有少量DNA）、中间白层（应为蛋白质和DNA）、下层有机相（氯仿和蛋白质等）
氯仿是一种分子量大的有机溶剂。提取RNA时，氯仿能有效快速分离有机相和无机相。DNA提取过程 酚和蛋白质主要结合在有机相中，使蛋白质与DNA分离，DNA进入水相。但在RNA的提取过程中，要避免蛋白质与DNA分离，否则DNA会释放到水相。无论有酚还是没有酚，氯仿本身对蛋白质也有变性作用，剧烈震荡，很容易使DNA亲水基团与水接触。所以不要剧烈震荡。
异丙醇的作用是通过-OH疏水使RNA 或者DNA链中的亲水基团受到保护，相当于沉淀，但这是一种发生在水相中的反应，与前面的氯仿没有矛盾。
氯仿的作用有很多方面。首先，作为一种有机溶剂变性蛋白，它可以通过离心沉淀和去除，同时通过变性抑制RNase活性；第二，RNA提取试剂通常含有苯酚（Trizol的主要成分是苯酚，许多自己的试剂提取方法也使用苯酚，提取蛋白质时也使用苯酚）。苯酚微溶于水。提取烷后，水中有痕迹。如果不去除，会损害核酸，需要通过氯仿去除水相中参与的苯酚；三是溶剂提取样品中的一些脂溶性杂质(如油脂、脂溶性色素等)。)，起到一定的除杂作用。
DNA已被分解，因为细胞中有DNA酶，细胞在提取前破碎时没有添加DNA酶抑制剂。上层水相，PH 5.1左右，当溶液pH呈酸性时，DNA分子会沉淀在酚与溶液的界面上，只有RNA分子留在水相中。当pH接近中性时，DNA会溶解在水相中（PH中性的一般原因是trizol与样品的比例不正确，因此trizol应在提取量过大的前提下过量）
TRIzol Reagent 提取total RNA步骤：
1. 根据样品量选择合适的下表 TRIzol Reagent体积为50ml RNase-在free离心管中，请注意样品体积不得超过TRIzol 10%的Reagent体积。
| 组织量 | TRIzol Reagent | 氯仿 | 异丙醇 | 75%乙醇 |
| 50~100mg | 1ml | 0.2ml | 1ml | 1ml |
2.将组织样品放入TRIzol 在Reagent中，高速匀浆15-30秒/次，直到看不到组织和细胞碎片。
3.室温10分钟。
4. 根据表2，加入适量体积的氯仿，剧烈震荡15秒，然后在室温下温暖3分钟。
5. 4ºC，离心12000克15分钟，形成淡红色苯酚/氯仿有机相，中间相和上水相，约占TRIzol体积的60%。
6. 在另一个Rnase-freee上清转移。 50ml离心管。根据表2添加适量异丙醇-20ºC沉淀1小时以上。
7. 4ºC，离心10分钟12000克。
8. 去上清，按表2加入适量体积75%的乙醇混合。
9. 4ºC，7500g离心5分钟。
10．去清洁，空气干燥或真空干燥RNA沉淀，但不要太干。添加适量体积的DEPC-WATER，溶解沉淀。
11．取少量RNA测量其OD值和电泳，其余-80º保存在冰箱里。
