5-甲基胞嘧啶

5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine）为胞嘧啶受到甲基化之后，附加一个甲基于5号碳上的的型态，结构改变，但与互补碱基的配对性质不变。 5-甲基胞嘧啶是一种表观遗传修饰，参与的酵素称为DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase）。对于细菌而言，5-甲基胞嘧啶可见于各式不同的位置，可用来作为一种标记，保护DNA不受自身的甲基化敏感（methylation-sensitive）限制酶破坏。在植物体内，5-甲基胞嘧啶出现于CpG与CpNpG序列里。而对真菌及动物来说，则主要存在于CpG双核苷酸（CpG dinucleotides）中。所有真核生物细胞中皆只有少量此类位置，脊椎动物的Cpg胞嘧啶约有70%到80%受到甲基化。 胞嘧啶受到脱氨作用后，会转变成尿嘧啶，不过此情形相会被DNA修复酵素辨识并移除，而5-甲基胞嘧啶在脱氨作用之后则会形成胸腺嘧啶。此种转变会导致置换突变（transition mutation）的发生。 一般的胞嘧啶可在某些化学物质，如亚硝酸的作用下而发生脱氨作用，进而转变成胸腺嘧啶。5-甲基胞嘧啶可以抵抗亚硫酸所可能造成的脱氨作用，因此可用亚硫酸定序法（bisulfite sequencing）来分析DNA胞嘧啶的甲基化情形。